1950年6月1日，在西单北大街89号（今西单商场区域），北京市医药公司正式成立。这是新中国在北京成立的第一个国有医药商业公司。公司是在东北医药公司北京分公司（1949年4月成立）的基础上成立的，由卫生部直接领导。

1950年6月25日，朝鲜战争爆发。1951年6月，北京市医药公司积极响应 “抗美援朝，保家为国”的号召，全体员工昼夜奋战，大力组织货源，供应抗美援朝所需药品和医疗器械，价值80多万元。亲自包装、亲自运输，确保药品和医疗器械安全，为朝鲜战场救助志愿军伤员做出了积极的贡献。

1952年5月，公司改由北京市人民政府工商局领导。公司所属营业部改为北京市医药公司药品批发部。先后将联华医疗器械行，北京市工业器材公司西药部、北京市人民药房、北京市信托公司西药部、化学试剂业务并入北京市医药公司。同时，在北京市东华门大街53号建立麻醉和化学药品经营部，在东单西总布胡同成立了第三门市部。北京市的所有商业销售都由北京市医药公司统一管理、统一计划销售。迈出了计划经营医药供销的第一步。

1954年，公司在北京市宣武区马连道东街17号建设了市行业内最早、库容量最大的药品、医疗器械仓库，占地面积64亩，建有库房38栋，建筑面积16956平方米，储存能力1万余吨，年吞吐量6万余吨。马连道仓库现在依然是j9九游会官方网站医药商业集团有限公司在北京的主要物流中心。